云服务器配置应用之如何安装bioconda
很多小伙伴购买云服务器之后不知道该如何配置云服务器，今天给大家介绍一下云服务器配置应用之如何安装bioconda:
安装bioconda
＃1下载bioconda
Wget https:Repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86 64sh＃2安装
S H miniconda3-latest-linux-x8664.sh
source~/.bashrc
＃3添加软件源
CONDA config -- add channel
Conda configuration -Add channels
＃安装mamba
conda install-y mamba
配置sequenceserver
在线blast的应用有很多，wwwblast、viroBLAST，这里我们选择sequenceserver，http://www.sequenceserver.com。
＃1安装podman
yum install -y podman
＃2安装sequenceserver
podman pull docker.io/wurmlab/sequenceserver
＃3打开端口
firewall-cmd --add-port=4567/tcp --zone=public--permanent
firewall-cmd --reload
＃4安装blast
mamba install -y blast
＃5建库
mkdir database
＃这里面拿一个数据作为测试ncov.fasta，可以放多个数据库
makeblastdb-in-ncov.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out ncov.fasta
＃6运行sequenceserver
podman run-d -p 4567:4567-restart = always-v ~/Database:/db docker.io/wurmlab/sequenceserver
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