云服务器配置应用之如何安装bioconda

很多小伙伴购买云服务器之后不知道该如何配置云服务器,今天给大家介绍一下云服务器配置应用之如何安装bioconda:

云服务器配置应用之如何安装bioconda插图亿华云

安装bioconda

1下载bioconda
Wget https:Repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86 64sh2安装
S H miniconda3
-latest-linux-x8664.sh
source
~/.bashrc
3添加软件源
CONDA config
-- add channel
Conda configuration -Add channels
#安装mamba
conda install
-y mamba

配置sequenceserver

在线blast的应用有很多,wwwblast、viroBLAST,这里我们选择sequenceserver,http://www.sequenceserver.com。

1安装podman
yum install
-y podman
2安装sequenceserver
podman pull docker
.io/wurmlab/sequenceserver
3打开端口
firewall
-cmd --add-port=4567/tcp --zone=public--permanent
firewall
-cmd --reload
4安装blast
mamba install
-y blast
5建库
mkdir database
#这里面拿一个数据作为测试ncov.fasta,可以放多个数据库
makeblastdb
-in-ncov.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out ncov.fasta
6运行sequenceserver
podman run
-d -p 4567:4567-restart = always-v ~/Database:/db docker.io/wurmlab/sequenceserver

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