如何利用conda管理R包
现在R包的功能越来越强大,已经不单纯是几个R自定义函数就能构成一个包了。目前很多R包集成许多C和python的代码,因此需要自行编译,哪有会出现各种环境问题。今天介绍一下使用bioconda如何配置R包:
利用bioconda安装R与R包
1、配置R源
#查看当前配置哪些源
$ conda config --show channels
#添加R源
$ conda config --add channels r
2、安装R
#查看系统当前R版本
$ which R
/usr/bin/R
#利用conda搜索R
$ conda search r-baseLoading channels:done
#NameVersionBuildChannel
r-base3.1.20 pkgs/r
conda-forge
r-base3.6.3h7ed4ef7_0 conda-forge
r-base3.6.3 h7ed4ef7_1 conda-forge
r-base4.0.0 hdca8982_2 conda-forge
r-base4.0.0 hdca8982_3 conda-forge
#安装R语言
$conda-c CONDA forging-y R-base=4.0.0
#再次搜索默认R
$ which R~/miniconda3/bin/R
3、安装R包
#搜索deseq2包$ conda search deseq2
Loading channels:doneNomatch found: DESEQ2.Search:* deseq2*#NameVersionBuildChannel
bioconductor-deseq2 1.8.2 r3.2.2_0 bioconda
bioconductor-deseq2 1.10.0 r3.2.2_0 bioconda
bioconductor-deseq2 1.10.0 r3.2.2_1 bioconda1.10.1 R3.2.20 bioconda
#安装deseq2包
$CONDA installation - y biological conductor - deseq2以上是关于“如何利用conda管理R包”的介绍,如需购买云服务器,推荐使用亿华云,独享IP,弹性灵活各种配置任您选配,最低只需要43/月,免费帮助配置环境,挂载磁盘等,协助处理简单问题,同时提供快速0元备案,让您快速运营,详情请咨询亿华云。产品选购地址: